Agenturet ledes af en administrerende direktør, hvis opgaver og beføjelser er fastlagt i artikel 15 i forordning (EF) nr. 1406/2002. Den administrerende direktør bistås af fire afdelinger og et direktionssekretariat.

Agenturet har i øjeblikket elleve sektioner, hvoraf ti hører under de fire afdelinger:

Afdeling 1: Bæredygtighed og Teknisk Bistand

(Sektioner: Bæredygtighed, Besøg og Inspektioner - Det Menneskelige Element og Kapacitetsopbygning)

Afdeling 2: Sikkerhed, Sikring og Overvågning

(Sektioner: Sikkerhed, Sikring og Overvågning)

Afdeling 3: Digitale Tjenester og Forenkling

(Sektioner: Maritime Digitale Tjenester, Digital Infrastruktur og Forenkling)

Afdeling 4: Interne Tjenester

(Sektioner: Menneskelige Ressourcer, Retslige Forhold, Finans og Faciliteter)