Europos jūrų saugumo agentūros (EMSA), kaip reguliavimo agentūros, idėja kilo 1990 m. pabaigoje kartu su keliomis kitomis svarbiomis Europos jūrų saugumo iniciatyvomis. Europos jūrų saugumo agentūra (EMSA) buvo įsteigta Reglamentu (EB) Nr. 1406/2002 kaip pagrindinis paramos Komisijai ir valstybėms narėms jūrų saugumo ir taršos iš laivų prevencijos srityje šaltinis, o vėlesniais pakeitimais buvo patobulinti ir išplėsti jos įgaliojimai.