Byrån leds av en verkställande direktör vars arbetsuppgifter och befogenheter anges i artikel 15 i förordning (EG) nr 1406/2002. Till sin hjälp har den verkställande direktören fyra avdelningar och ett kansli.
Det finns för närvarande elva enheter, varav tio faller under följande fyra avdelningar:

Avdelning 1: Hållbarhet och tekniskt stöd
(Hållbarhet, besök och inspektion, den mänskliga dimensionen, kapacitetsuppbyggnad)

Avdelning 2: Säkerhet, skydd och övervakning
(Säkerhet och skydd, övervakning)

Avdelning 3: Digitala tjänster och förenkling
(Digitala sjöfartstjänster, digital infrastruktur, förenkling)

Avdelning 4: Administrativa tjänster
(Personalfrågor, rättsliga frågor, ekonomi och lokaler)