Управителният съвет контролира дейностите на Агенцията и изпълнителния директор. По-специално, управителният съвет одобрява единния програмен документ на Агенцията, който обхваща 3-годишен период, както и бюджета и щатното разписание. Управителният съвет приема и оценява консолидирания годишен доклад за дейността на Агенцията, както се изисква в съответните Финансови регламенти.  

В управителния съвет на Агенцията има представители на всички държави — членки на ЕС, Исландия и Норвегия (държавите от Европейска асоциация за свободна търговия (ЕАСТ) са наблюдатели) и четирима представители на Европейската комисия, плюс четирима представители без право на глас от различни сектори на морската индустрия.