Virastoa johtaa pääjohtaja, jonka tehtävät ja toimivalta määritetään asetuksen (EY) N:o 1406/2002 15 artiklassa. Pääjohtajan tukena on neljä osastoa ja toimeenpanotoimisto.

Tällä hetkellä virastossa on 11 yksikköä, joista kymmenen kuuluu neljään seuraavaan osastoon:

Osasto 1: Kestävä kehitys ja tekninen apu
(kestävä kehitys, tarkastuskäynnit ja katselmukset, inhimilliset tekijät, valmiuksien kehittäminen)

Osasto 2: Turvallisuus ja valvonta
(turvallisuus ja valvonta)

Osasto 3: Digitaaliset palvelut ja yksinkertaistaminen
(merenkulun digitaaliset palvelut, digitaali-infrastruktuuri, yksinkertaistaminen)

Osasto 4: Hallintopalvelut
(henkilöresurssit, lakiasiat, varainhoito ja tilat)