Aģentūru vada izpilddirektore, kuras pienākumi un pilnvaras ir noteiktas Regulas (EK) Nr. 1406/2002 15. pantā. Izpilddirektorei palīdz četras nodaļas un Izpildbirojs.

Pašlaik aģentūrā ir 11 apakšnodaļas, no kurām 10 ietilpst šādās 4 nodaļās:

1. nodaļa: Ilgtspēja un tehniskā palīdzība
(Ilgtspēja; Apmeklējumi un pārbaudes; Cilvēkfaktors; Spēju veidošana);

2. nodaļa: Drošums, drošība un uzraudzība
(Drošums un drošība; Uzraudzība);

3. nodaļa: Digitālie pakalpojumi un vienkāršošana
(Jūrniecības digitālie pakalpojumi; Digitālā infrastruktūra; Vienkāršošana);

4. nodaļa: Korporatīvie pakalpojumi
(Cilvēkresursi; Juridiskās lietas, finanses un telpu uzturēšana).